Nicolaus II tiếp tục cuộc chiến đương đầu với lạc thuyết Nicôla. Ông thi hành những biện pháp đối với hàng giáo sĩ: kỷ luật các linh mục đã kết hôn hoặc chung sống ngoài hôn nhân, đồng thời cấm các tín hữu được tham dự thánh lễ do một linh mục đã kết hôn cử hành đồng thời yêu cầu những người đã có vợ phải bỏ vợ đi.

Trong phạm vi cái mà các sử gia gọi là a ponsteriori (hậu nghiệm) là cải cách của Gregorius, ông cấm việc bổ nhiệm các địa vị trong Giáo hội để thu tiền (buôn thần bán thánh); cấm các giáo sĩ lãnh nhận một nhà thờ từ tay của một giáo dân. Giáo dân bị cấm không được phong chức cho các Giám mục mà lại không có sự cho phép của Giáo hoàng.

Nicôla II cũng muốn các kinh sĩ trở về lại một kỷ luật nghiêm nhặt hơn, bằng cách áp đặt những bữa ăn chung và ban đêm ngủ ở phòng ngủ chung.